Nội dung trong bộ anime To Aru Kagaku No Railgun S là câu chuyện kể về nữ nhân vật chính Mikoto Misaka, trong cuộc hành trình của mình cô và những người bạn của cô ấy đã trở lại, điều tra tin đồn khắp Thành phố Học viện. Chẳng bao lâu sau, Mikoto phát hiện ra một điều đáng sợ: những thí nghiệm kinh hoàng đang diễn ra khắp thành phố, liên quan đến vụ giết hại hàng nghìn siêu năng lực gia.
Vì trách nhiệm với việc điều trị của họ, cô bắt đầu chấm dứt các thí nghiệm; tuy nhiên, các thế lực chống lại cô ấy nguy hiểm hơn nhiều so với cô ấy dự đoán, và Mikoto thấy mình phải chống lại một số siêu năng lực gia mạnh nhất có thể tưởng tượng, cũng chính từ đây cô bắt đầu gặp phải những mối nguy hiểm mới.
Toaru Kagaku no Railgun S là câu chuyện kể về Railgun khi cô tuyệt vọng chiến đấu để chấm dứt các thí nghiệm vô nhân đạo mà cô tin rằng mình đã giúp gây ra, cuộc sống của cô chìm sâu vào tuyệt vọng trong quá trình này. Câu chuyện trong phim sẽ còn diễn ra như thế nào nữa đây? Cùng đón xem bộ phim này để theo dõi nhé các bạn.