Phim Spy Kyoushitsu Phần 2 hay còn được biết đến với tên gọi khác là Spy Kyoushitsu 2nd Season, Spy Classroom Season 2. Câu chuyện trong bộ anime này kể về một thế giới giả tưởng, nơi vừa trải qua cuộc đại chiến thế giới thảm khốc và kéo dài, để lại đớn đau khôn nguôi và vết thương hãy còn tinh tươm lên nhân loại. Cũng chính vì hậu quả mà chiến tranh đã gây lên mà thế giới cũng bắt đầu thay đổi, những thiệt hại nặng nề gây ra bởi chiến tranh, thời hậu chiến, lãnh đạo các quốc gia đã thấy được thảm cảnh trước mắt và nhận thức được rằng chiến tranh là một màn phô diễn tồi tệ khiến cho con người rơi vào hoàn cảnh lầm than.
Thời gian sau này, thay vì những trện chiến liên tiếp nổ ra để tranh chấp thì giờ đây họ đã cùng bắt tay nhau tại những hội nghị hoà bình quốc tế, ký vào những bản hiệp ước bảo vệ hoà bình. Chiến tranh không được phép tái diễn nữa trên thế giới này. Tuy nhiên, điều ấy không có nghĩa là họ đã hoàn toàn từ bỏ dã tâm của mình. Chỉ là, các cường quốc không cần thiết phải chĩa súng vào nhau nữa. Tuy nhiên cũng từ đó mà những cuộc chiến ngầm ngày càng diễn ra nhiều hơn thay vì công kích trực tiếp và vì thế mà những điệp viên cũng bắt đầu được đào tạo để thực hiện những nhiệm vụ đặc biệt của mình.