Nội dung trong bộ anime Witch Craft Works là câu chuyện xoay quanh về một chàng trai có tên là Honoka Takamiya, hiện tại thì anh ta đang hoàn toàn hạnh phúc với cuộc sống bình thường của mình. Vấn đề chính của anh ấy là anh ấy đang học chung một trường với cô nàng Ayaka Kagari hay còn được mệnh danh “Công chúa”. Điều đó khiến cuộc sống của Honoka trở nên khó khăn vì anh đi xe buýt giống như cô vào buổi sáng và ngồi cạnh cô trong lớp. Điều tồi tệ hơn là nếu anh ta thậm chí ngớ ngẩn tương tác với cô, câu lạc bộ fan hâm mộ của cô sẽ đưa anh ta trở lại và đánh bại anh ta bất cứ lúc nào.
Vào một ngày nọ trong khi vứt rác, thì bất chợt anh ta nhìn lên và thấy một tòa nhà trường rơi trên đầu mình. Khi đó anh được cứu bởi cô gái xinh đẹp, có một điều kì lạ là cô gái kì lạ kia lại rất giống với Ayaka, rằng anh thậm chí chưa bao giờ có một cuộc trò chuyện đầy đủ. Cuối cùng cô cũng nói chuyện với anh, tiết lộ rằng cô đang bảo vệ anh trong bí mật khỏi những nhân vật chưa xuất hiện.
Sau sự kiện đó Honoka mới phát hiện ra rằng Ayaka thực chất lại là một phù thủy và khi đó có những phù thủy khác trên thế giới luôn muốn bắt Honoka và sử dụng anh ta cho sức mạnh bí mật mà anh ta sở hữu bên trong anh chính cơ thể của mình. Câu chuyện kể về cuộc hành trình mới của Honoka cùng với người bạn gái phù thủy Ayaka sẽ diễn ra như thế nào? Cùng đón xem bộ anime Phù Thuỷ Thời Đại Mới – Witch Craft Works để theo dõi nhé các bạn.