Cốt truyện trong bộ anime viễn tưởng NieR:Automata Ver1.1a xoay quanh về các android 2B, 9S và A2 đó là những android rất hùng mạnh với khả năng chiến đấu tốt, tất cả họ được giao cho nhiệm vụ vô cùng đặc đặc đó chính là chiến đấu để có thể chống lại sự tàn phá của những cỗ máy mạnh mẽ đang gây ra ở thế giới loài người.
Từ khi cuộc chiến nổ ra thì nhân loại đã bị đẩy ra khỏi Trái Đất bởi những sinh vật máy móc từ thế giới khác. Trong nỗ lực cuối cùng để cứu lấy hành tinh này, con người đã tạo ra một lực lượng lính android để tiêu diệt những kẻ xâm lược. Giờ đây, một cuộc chiến giữa máy móc và người máy đang diễn ra ác liệt và liệu rằng với sức mạnh đó thì những android có thể giải cứu được nhân loại khỏi những cố máy chiến đấu kia không?