Sau thành công của phần 1 được ra mắt vào năm 1986, sự ra mắt của phần 2 của tựa phim kinh dị viễn tưởng rất ăn khách mang tên The Fly là một điều tất yếu, nó cũng tương tự như nhiều bộ phim đình đám khác và khán giả đã không phải đợi quá lâu khi Người Ruồi Phần 2 đã chính thức ra rạp vào năm 1989. Một điều khá đáng tiếng là mọi thứ ở phần thứ 2 hoàn toàn được thay đổi, từ đạo diễn cho tới người viết kịch bản, đảm nhiệm của The Fly 2 là Chris Walas, một cái tên không mấy nổi tiếng khi đây là tác phẩm đầu tay của ông, trước đó vai trò chính của ông là chuyên làm những hiệu ứng đặc biệt cho phim.
Nội dung của phim Người Ruồi 2 xoay quanh nhà khoa học nổi tiếng Seth Brundle, người có các thí nghiệm biến dạng với teleportation biến anh ta thành một người đàn ông có khả năng bay như một con ruồi, được gọi là BrundleFly (Người Ruồi). Một vài tháng sau đó BrundleFly đã gặp sự suy sụp thực sự khi mà vị hôn thê của anh là Veronica, đã chết trong khi sinh con trai của họ, Martin. Martin lớn lên đã bị những nhà khoa học khác như Seth, Bartok bóc lột một cách thậm tệ, tuy nhiên anh vẫn cố gắng chịu đựng bởi chỉ có như vậy Martin có thể giải quyết những vấn đề mới mà TelePods vẫn đang hoạt động hiện tại và sử dụng anh như một dự án khoa học, vì các gen côn trùng không hoạt động.
Martin hiện đang làm rất tốt công việc nghiên cứu của mình mặc dù anh cũng gặp không ít khó khắn và các gen ruồi bắt đầu thức tỉnh và làm cho anh ta giống như thân mến, cha chết. Với sự giúp đỡ của các bạn gái là Beth, họ đi đến bất cứ nơi nào họ có thể tìm cách chữa trị tốt trước khi Bartok tìm thấy họ và mang lại cho họ trở lại, nhưng không phải trước khi Martin kết thúc chuyển đổi của mình vào MartinFly, thứ gây chết người được tìm thấy trong BrundleFly.