Cốt truyện trong phim Mahoutsukai Reimeiki xoay quanh về cuộc chiến diễn ra giữa Nhà thờ và các Phù thủy kéo dài 5 thế kỷ cuối cùng cũng kết thúc trong hòa bình nhưng cách đây vài năm ngắn ngủi. Tuy nhiên, nép mình trong những nơi khuất bóng của thế giới, những xung đột tuổi già than hồng ấy vẫn âm ỉ trong những cuộc chiến đó. Theo học tại Học viện Pháp thuật Hoàng gia của Vương quốc Wenias là một học sinh đang gặp khó khăn tên là Sable anh ta cũng chính là nhân vật chính trong bộ anime này, bản thân anh là một người không có ký ức về thời gian của mình trước khi nhập học.
Ngay sau khi đặt chân đến học viện thì anh đã được giao cho những nhiệm vụ mới, theo lệnh của Hiệu trưởng Albus, anh ta rời Vương quốc để đi đến vùng phía nam của lục địa để thực hiện những nhiệm vụ của mình được giao, nơi những người nổi dậy chống ma thuật vẫn là một lực lượng cần được tính đến, như một phần của chế độ huấn luyện đặc biệt. Đồng hành cùng anh là một nhóm gồm những cá nhân mạnh mẽ cả về năng lực và nhân cách; có một người được gọi là Phù thủy Bình minh, Roux Cristasse, người tìm kiếm kiến thức bị cấm về phép thuật nguyên thủy trong Grimoire of Zero, cô gái thiên tài Holtz, cũng như con thú duy nhất của trường Kudd. Họ sẽ khám phá ra sự thật nào trong cuộc hành trình về phương nam …?