Cốt truyện trong bộ anime Linh Hồn Nguyên Thủy được lấy bối cảnh 300 năm sau sự kiện những cái cây có ý thức trong một phòng thí nghiệm trên Mặt Trăng được tạo ra với khả năng phát triển trong điều kiện khắc nghiệt và khô cằn đã quyết định thoát ra phá hủy Mặt Trăng và hủy diệt nền văn minh của con người cũng như phục hồi lại Trái Đất như lúc nguyên sinh là được bao phủ bởi rừng.
Nội dung trong Phim Linh Hồn Nguyên Thủy nói về một cậu bé có mái tóc trắng, cậu có tên là Agito, cậu bé này chính là hậu duệ của những người sống sót đã học cách thích nghi và cùng tồn tại với thiên nhiên. Trong cuộc phiêu lưu của mình cậu đã vô tình tìm ra một cô gái đã ngủ suốt 300 năm đeo một chiếc vòng cổ có thể đánh thức một thứ vũ khí khổng lồ từ 300 năm trước. Và từ đó mở ra một câu chuyện mới xoay quanh những nhân vật chính.
Sau khi sự việc bị vỡ nở ra, cô nàng đã trở thành mục tiêu của những thế lực muốn phá hủy thiên nhiên và giành lại thế giới của con người như trước kia. Tuy nhiên Agito lại được thiên nhiên ban cho sức mạnh vô song, vì vậy mà cậu đã lên đường giải cứu cô bạn của mình. Liệu rằng đôi bạn trẻ này có thể chống trọi lại được những thế lực đen tối kia không? Mời các bạn đón xem bộ anime Origin: Spirits of the Past để theo dõi nhé.