Câu chuyện trong bộ anime Jibaku Shounen Hanako-kun được lấy bối cảnh tại học viện kì bí Kamome, nơi đây được biết đến với Bảy bí ẩn nổi tiếng và những sự kiện siêu nhiên, phổ biến bởi những tin đồn của sinh viên, không ai là không biết. Khi đó Nene Yashiro là một sinh viên yêu thích huyền bí năm đầu khao khát có bạn trai, vì vậy mà cô nàng này đã quyết định triệu tập bí ẩn thứ bảy “Hanako-san của nhà vệ sinh”, một cô gái đã chết trong phòng tắm từ lâu và có thể ban điều ước cho quyền giá bán.
Tuy nhiên, khi triệu tập hồn ma, Hanako-san được tiết lộ là một cậu bé! Với một loạt các sự kiện, Nene trở thành trợ lý của mình và câu chuyện kể về cuộc phiêu lưu của họ trong việc duy trì sự cân bằng giữa thế giới linh hồn và thế giới loài người, cũng như khám phá ra nhiều bí mật xoay quanh Hanako.
Tin đồn của anh “Hanako-san của nhà vệ sinh” nói rằng anh dành những điều ước cho những người triệu tập anh với điều kiện họ phải trả một mức giá phù hợp, khiến Yashiro tiếp cận anh. Là thủ lĩnh của Bảy bí ẩn, anh ta sở hữu sức mạnh đáng kinh ngạc và chiến đấu với một con dao. Và rồi câu chuyện trong bộ anime Jibaku Shounen Hanako-kun sẽ diễn biến như thế nào? Mời các bạn đón xem để theo dõi nhé.