Cốt truyện trong bộ anime Giải Mã Tình Yêu Bằng Khoa Học Phần 2 là câu chuyện xoay quanh về hai nhà khoa học trẻ tuổi thiên tài, họ chính là Ayame Himuro và Shinya Yukimura, bản thân họ đều những nhà khoa học thiên tài và được mọi người rất hâm mộ về tài năng cũng như ngoại hình của họ, mặc dù đều là những người rất giỏi trong lĩnh vực khoa học nhưng dường như họ đang gặp những khó khăn nhất định trong việc thổ lộ tình cảm cá nhâu giành cho nhau mặc dù cả hai đều thích nhau. Vào một ngày nọ, nữ bác học Himuro đã quyết định thổ lộ tình cảm của mình với người bạn của mình là Yukimura. Tuy họ luôn sát cánh bên nhau trong mọi lĩnh vực khoa học, nhưng mỗi khi nhắc đến chuyện tình cảm lứa đôi thì đôi bạn trẻ này lại trở lên khó hài hòa được với nhau, nhưng ẩn sâu trong trái tim họ thì đó chính là tình yêu, là đối tượng mà họ đã chọn.
Thời gian cứ thế trôi đi, cho đến một ngay cặp đôi ngốc này đã dùng mọi bằng chứng khoa học để chứng minh tình yêu của mình. Liệu cặp đôi này có thể dùng những con số, dữ liệu để hiểu về tình yêu hay không? Câu chuyện kể về chuyện tình yêu giữa hai nhà khoa học trẻ tuổi này sẽ như thế nào đây? Cùng đón xem phần hai của bộ anime Giải Mã Tình Yêu Bằng Khoa Học Phần 2 đầy thú vị này để theo dõi nhé các bạn.