Nội dung trong bộ anime Evangelion: 3.0 1.0 Thrice Upon a Time được lấy bối cảnh tại thành phố Paris, tại đó xuất hiện một nhóm từ tổ chức Wille, do Maya Ibuki dẫn đầu , họ làm việc trên một hệ thống được thiết kế để khôi phục thành phố về trạng thái trước đây của nó. Khi bị lực lượng Nerv tấn công, họ được bảo vệ bởi hạm đội Wunder và Mari Illustrious Makinami trong Unit-08 . Mari đánh bại những kẻ tấn công, và đội Wille khôi phục Paris.
Trong khi đó những nhân vật như Asuka Shikinami Langley , Rei Ayanami và Shinji Ikari , vẫn còn thất vọng, đang đi bộ qua vùng ngoại ô của Tokyo-3. Họ đến một khu định cư của những người sống sót, và chạm trán với Toji Suzuhara , Hikari Horaki và Kensuke Aida , giờ đã trưởng thành. Toji là bác sĩ và có con với Hikari, trong khi Kensuke là kỹ thuật viên, và tất cả đều thân thiện với Shinji. Asuka bày tỏ sự thất vọng với Shinji, ép ăn anh ta. Khi Shinji dần hồi phục, Rei khám phá ngôi làng và lập nghiệp, làm nông dân. Shinji gặp Ryoji Kaji, con trai của Misato Katsuragi và Ryoji Kaji quá cố, người đã chết vì ngăn cản Tác động thứ ba. Rei yêu cầu tiếp xúc liên tục với LCL và không thể duy trì bản thân, phân hủy khi có sự hiện diện của Shinji. Câu chuyện trong bộ anime Evangelion: 3.0 1.0 Thrice Upon a Time này sẽ còn diễn ra như thế nào nữa đây? Cùng đón xem để theo dõi nhé các bạn.