
Câu chuyện trong phim Dr. Stone Phần 3 kể về nhóm Senku sẽ quyết định dong buồm tiến đến Đảo Châu Báu, đó cũng chính quê hương của một thành viên đoàn mang tên Soyuz. Hòn đảo này có rất nhiều bí mật, và điều thú vị nhất đó chính là hòn đảo có con tàu vũ trụ của cha Senku. Tại đây cũng có rất nhiều kim loại có thể tận dụng từ nó nên đây sẽ là mục tiêu đầu tiên của họ. Ngay khi vừa đến đảo, nhóm Senku đã bị tấn công khiến hầu hết bọn họ hóa thành đá. Kẻ thù lần này của Senku sẽ là một tên sở hữu thiết bị có thể hóa đá người khác.
Bên cạnh kẻ thù mới, nhóm Senku cũng gặp thêm các đồng minh vốn là cư dân của đảo, và từ đó nhóm Senku lại có lợi thế rất lớn để có thể tìm hiểu được hòn đảo này một cách dễ dàng. Cũng kể từ đó mà họ đã cùng nhau lập nên kế hoạch thăm dò tên phản diện, từ đó phát hiện ra thiết bị hóa đá kia là gì và cách thức hoạt động của nó. Để đấu với hắn, Senku sẽ chế tạo ra vô số thiết bị mới, trong đó có cả thiết bị nghe trộm và máy bay điều khiển từ xa. Sau một cuộc chiến vô cùng căng não, nhóm Senku đã cùng nhau đánh bại tên phản diện và giành được thiết bị hóa đá và từ đó cả nhóm trở về Nhật Bản, hóa đá Tsukasa rồi hồi sinh cậu ta.