Sau thành công lớn của phần thứ 3, đạo diễn Kenji Kodama tiếp tục thực hiện phần thứ 4 trong loạt phim Conan bản điện ảnh theo lịch phát sóng mỗi năm một phần và chắc chắn phần mới này sẽ mang tới cho khán giả nhiều sự mới mẻ cùng những câu chuyện phá án mới đầy ly kỳ, hấp dẫn trong Conan 4: Thủ Phạm Trong Đôi Mắt. Đảm nhiệm vai trò viết kịch bản cho phim là Kazunari Furuuchi, người đã gắn bó với 2 phần trước đó, trong khi đó dàn diễn viên lồng tiếng vẫn được giữ nguyên. Liệu rằng trong phần 4 sẽ có những điều gì mới mẻ, những câu chuyện bên lề trong cuộc sống của conan và những người bạn sẽ diễn ra như thế nào, chúng ta cùng theo dõi.
Nội dung của phim Conan 4: Thủ Phạm Trong Đôi Mắt bắt đầu từ thời điểm năm 1993, Kazato Kyosuke là một trong những bác sĩ phẫu thuật trẻ nhất trong bệnh viện Đại học Tohto. Nhưng một trong những hoạt động phá hủy cổ tay trái vàng của ông. Kazato vẫn còn nhớ mối thù này từ Jinno Tomotsu, là người cùng độ tuổi với Kazato. Năm 1999, 6 năm sau đó, họ gặp lại nhau và Kazato cắt động mạch của Jinno. Cảnh sát nhận định đây là một vụ tự tử tự tử. Bây giờ nó là 2000. 2 cảnh sát, Narasawa và Shiba bất ngờ bị bắn chết đi trong Beika viên điện thoại gian hàng và bãi đậu xe chung cư với cảnh sát cuốn sổ tay có liên quan.
Shiratori trả lời KHÔNG CẦN BIẾT với chị gái (trai) Sara trong tiệc cưới khi Mori và Conan tiếp tục yêu cầu Takagi (Tobias). Cho đến Sato bị bắn, họ nói với Mori và Conan những gì đã xảy ra 7 năm trước đây về Tomonari cao cấp của mình và con trai duy nhất của ông Makoto Tomonari . Bây giờ Makoto là 25. Ông giữ đuổi Mori và đã bị đánh giá là kẻ giết người cho đến khi ở đất nhiệt đới, Makoto đã được chứng minh vô tội.
Hàng loạt vụ giết những quan chức cảnh sát cứ thế mà diễn ra một cách khó hiểu, trong khi đó cảnh sát thì từ chối tiết lộ thông tin vì nghi ngờ rằng có người trong giới chức liên quan đến các vụ án này . Trong khi đó, thời điểm vụ thiếu úy Saito bị ám sát thì Ran lại vô tình nhặt được cây đèn pin lúc điện bị cúp . Trớ trêu thay chính vì nghĩ tại vì mình nên Saito mới bị như vậy nên Ran vì sốc mà hoàn toàn mất trí nhớ, không nhớ nỗi những người xung quanh mình, kể cả Shinichi. Mặt khác, bởi nhìn thấy những gì không nên thấy mà Ran cũng bị hung thủ truy sát . Cuối cùng ai là kẻ giết người?