Sau thành công của 2 phần đầu tiên ra mắt vào năm 1997 và 1998 thì đạo diễn Kenji Kodama tiếp tục thực hiện phần thứ 3 cùng với đồng nghiệp của mình là Yasuichirô Yamamoto, hứa hẹn sẽ mang đến nhiều hơn những câu chuyện kịch tính, những vụ án hóc búa luôi cuốn người xem từ đầu tới cuối cùng như thể hiện được tài năng phá án xuất chúng của Thám tử lừng danh Conan, vì thế mà Conan 3 Phù Thủy Cuối Cùng Của Thế Kỷ thực sự rất đáng được mong đợi. Kịch bản phim được viết bởi Kazunari Furuuchi, đặc biệt điểm mang lại sự khác biệt cho phần này chính là sự xuất hiện của nhân vật siêu đạo chích Kid (được lấy ý tưởng từ nhân vật Lupin đệ tam, một siêu trộm vốn xuất hiện khá nhiều trong các tác phẩm điện ảnh), cùng với conan sẽ tạo nên những điều bất ngờ thú vị nhất.
Nội dung của phim Conan 3 Phù Thủy Cuối Cùng Của Thế Kỷ bắt đầu từ việc siêu đạo chích Kaitou Kid trở lại thị trấn, và anh ta có kế hoạch để ăn cắp một quả trứng được đánh giá cao của Nga đã từng thuộc về Nicholas II. Nó hiện đang thuộc sở hữu của gia đình Sonoko Susuki của. Kogoro Mouri và một số người khác được đưa vào phụ trách để bảo vệ trứng. Nhưng điều đó sẽ không thể khiến cho Kaitou Kid dừng lại kế hoạch ăn cắp nó. Conan nghi ngờ có nhiều điều không đúng đang xảy ra. Chẳng bao lâu mọi thứ sẽ dường như đi từ xấu đến tồi tệ hơn. Khi một tên giết người không rõ Scorpion người được biết đến với giết chết nạn nhân ở mắt phải với một khẩu súng bắn. Được tham gia trong kịch bản ăn cắp trứng lần này.
Imperial Easter Egg là món đồ nghệ thuật mà sa hoàng Nga đặt nghệ nhân Faberge tạo ra để làm quà tặng cho hoàng hậu nhân lễ phục sinh.. Kaido Kido gửi cảnh sát một bức thư cảnh báo rằng ông sẽ lấy trộm trứng mà Suzuki sẽ hiển thị 4 ngày sau đó. Kaido Kido (khi nào) có thể ăn cắp trứng vào thời điểm khi tất cả mọi người ở bên ngoài. SCORPION bắn mắt Kaido và làm Kaido biến mất. Conan đã gặp 3 phụ nữ trong những nhiệm vụ mà họ phải bảo vệ những quả trứng Phục sinh tại nhà của Suzuki. Seiran Hoishi, Romanov Empire, biết đến như một người Trung Quốc và cuối cùng cô đã …