Mới đó thôi mà 10 năm kể từ bản điện ảnh của thám tử lừng danh conan ra đời, từ những tác phẩm đầu tiên của năm 1997 cho tới năm 2007 là những dấu ấn đậm nét để lại trong lòng khán giả, những bộ phim được sản xuất với chất lượng tốt nhất, đầu tư công phu nhất từ đồ họa, âm thanh, hình ảnh cho tới nội dung cốt truyện và chắc chắn như thường lệ thì Conan 11: Huyền Bí Dưới Biển Xanh sẽ không làm bạn phải thất vọng với những gì mà nó mang đến.
Mở đầu của phim Conan 11: Huyền Bí Dưới Biển Xanh là vào thời điểm năm 1700, khi mà Anne Bonny và Mary Read được biết tới là 2 tên nữ cướp biển đã cùng nhau bảo vệ đất nước của họ khỏi bị tấn công từ nước Anh. Những người đi thuyền ra biển cả sợ JOLLY ROGER được hình thành bởi lá cờ đỏ Jolly Rouge & quỷ OLD ROGER. Bây giờ đã là năm 2007, khi này Conan thắng trong một câu đố công báo và Mori đã dùng tiền đi nghỉ mát bên trong hòn đảo Koumi với những đứa trẻ và Ran.
Iwagana, hướng dẫn du lịch Koumi, muốn tận dụng trí tuệ của khách du lịch để tìm kho báu của Anne Bonny vào năm 1700. Liệu có phải kho tàng quý giá là những gì mà Anne Bonny giữ bên Yoriyajima từ năm 1700 lần khi cô làm việc với Mary Read. Ngoài ra còn có 3 kẻ tội phạm quốc tế (cướp biển) đến để tìm kho báu và thậm chí lấy trộm Cutlass và Pistol để ăn cắp kho báu dưới đáy biển. Rachel và Sonoko đã bị bắt và Sonoko thậm chí đã đâm. Nhưng cuối cùng …