Nội dung trong bộ anime Câu Đố Của Thần Linh là câu chuyện kể về một thanh niên có tên là Kaito Daimon, hiện tại cậu đang là một học sinh trung học rất bình thường, chỉ ngoại trừ một điều: anh ta là một ‘con quỷ’ trong việc giải câu đố. Thực tế, Kaito rất xuất sắc đến nỗi khi anh ta yêu cầu thực hiện một số bài kiểm tra ‘đặc biệt’ về khả năng độc đáo của mình, anh ta ngay lập tức nghi ngờ rằng bản thân bài kiểm tra đó là một bài kiểm tra.
Kaito đột nhiên thấy mình bị cuốn vào Câu đố của một triết gia chết người được tạo ra bởi nhóm tội lỗi, một mê cung giết người bẫy, khi không giải quyết được bí mật một cách chính xác sẽ dẫn đến cái chết! May mắn thay, các kỹ năng của Kaito đã chứng minh cho bài kiểm tra đầu tiên, cho cả bản thân anh và người bạn thời thơ ấu Nanoha, người cũng bị cuốn vào kế hoạch chết người.
Nhưng bây giờ khi anh ta được chỉ định làm Người giải quyết, anh ta bị kéo vào một cuộc sống mới, nơi anh ta phải đi khắp thế giới với những Người giải quyết khác, cố gắng giải những câu đố chết người mới nhất còn lại của Gord. Câu chuyện này sẽ diễn ra như thế nào? Mời các bạn đón xem bộ anime Câu Đố Của Thần Linh – Phi Brain: Kami no Puzzle để theo dõi nhé.