Nội dung trong phim Cặp Mắt Sát Thủ là câu chuyện xoay quanh một chàng trai có tên là Ryuuji Takasu, hiện tại thì cậu đang là một học sinh trung học, cậu là một có đức tính hiền lành, thậm chí Ryuuji còn là người rất chịu khó làm việc nhà, tuy nhiên trái với tính cách của mình thì Ryuuji lại có một khuôn mặt rất đáng sợ, khiến cho anh luôn bị xã hội coi thường. Cùng Ryuuji là sự có mặt của Taiga Aisaka, cô ấy là một học sinh nhỏ, giống búp bê, tuy nhiên cô lại được sở hữu thành katana, và được biết đến với biệt danh là Hổ Palmtop.
Vào một ngày nọ khi mà đôi bạn này đang đi dạo trên đường, thì bỗng nhiên Ryuuji phát hiện ra rằng Taiga cũng là một cô gái rất ngọt ngào, cô có tình cảm với phó chủ tịch nổi tiếng Yuusaku Kitamura, đây cũng chính là người bạn thân của Ryuuji. Nhưng mọi thứ chỉ trở nên điên rồ hơn khi Ryuuji tiết lộ rằng anh ta phải lòng người bạn thân nhất của Minori Kushieda Hồi Taiga.
Cặp Mắt Sát Thủ là một bộ anime hài lãng mạn, câu chuyện nói về những mối tình ngang trái những cũng không kém phần hài hước, và từ đó họ đã bắt tay để cùng làm một nhiệm vụ giúp đỡ lẫn nhau với những mối tình tương ứng, tạo thành một liên minh khó có thể xảy ra trong bộ anime này.